Согласно пункту 1.1 статьи 172 НК, при приобретении товаров (услуг) вычеты по НДС могут быть заявлены в течение трех лет после их принятия на учет.
Одновременно с этим необходимо учитывать, что вычеты сумм налога, представленных продавцами при покупке основных средств, оборудования или НМА, производятся после их принятия на учет в полном объеме (пункт 1 статьи 172 НК). Следовательно, на основании одного счета-фактуры вычет НДС частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после их принятия на учет нормами НК не предусмотрен.
Такой вывод сделал Минфин в письме от 09.11.2017 № 03-07-11/73708.